La Unión Deportiva Fuerteventura fue creada en 2004 en Puerto del Rosario como resultado de la fusión entre el Club Deportivo Fuerteventura y el Club Deportivo Corralejo que jugaba en Segunda División B. En esa misma temporada el club desciende.

En la temporada 2006/07 accede a la eliminatoria de ascenso después de quedar en 4º lugar del grupo XII de Tercera División. Tras vencer en las dos eliminatorias asciende a segunda división B nuevamente.

En la temporada 2007/08 alcanza la mejor clasificación de su historia siendo 3º en la fase regular de grupo I de segunda B, clasificandose por primera vez para la promoción de ascenso a la Segunda División, aunque resulto eliminada por el Alicante CF en la primera ronda (0-0 y 0-3).